Mindnyájan tartunk a kórokozók támadásától, ezért igyekszünk mindent megtenni, hogy elkerüljük a fertőzéseket. Másfelől a szervezetünkbe jutó kórokozók horrorisztikus körülményekkel kénytelenek szembesülni, ami számunkra nagyszerű dolog.
A testünkbe jutó, majd ott elszaporodva betegséget okozó mikroorganizmusokat összefoglalóan patogéneknek nevezzük. Ezek között egyaránt találunk baktériumokat és vírusokat, amelyek az egyszerű náthától a rosszindulatú daganatokig számos kórkép kialakulását előidézhetik. Szervezetünk természetesen képes felvenni a harcot a betolakodókkal, a már-már akciófilmekbe illő jelenetekben pedig az immunrendszernek jut a főszerep.
Az immunrendszer igen összetett működésű szisztéma, amely különböző sejtek és molekulák bevetésével végzi dolgát. Fejlettségét jól mutatja, hogy képes felismerni, kiiktatni és megjegyezni az ártalmas kórokozókat, illetve megkülönböztetni azokat például a szervezet saját sejtjeitől, a bevitt tápláléktól vagy éppen a bélrendszerben élő jótékony baktériumoktól. Az immunrendszer sejtjei kommunikálni tudnak egymással, mi több, egymással együttműködve teszik még hatékonyabbá a védekezési mechanizmust.
A véráramban a vörösvérsejtek mellett úgynevezett fehérvérsejtek is találhatóak, amelyek az immunrendszer katonái. Az érrendszer mellett a testet ugyancsak teljesen behálózó nyirokrendszerben is nagy számban vannak jelen, így a szervezet bármely pontját el tudják érni. A fehérvérsejtek között többféle immunsejtet lehet megkülönböztetni, így például neutrofileket, makrofágokat, dendritikus sejteket, B- és T-sejteket. Az egyes típusok más és más feladatot láthatnak el a patogének azonosításától a kiirtásukig vagy éppen a memorizálásig. A likvidálásra három módszert alkalmaznak az immunsejtek: egyesek lenyelik a kórokozókat, mások elpusztítják a fertőzött sejteket, megint mások pedig antitestekbe burkolva ártalmatlanítják a baktériumok által termelt toxinokat és a vírusokat.
Visszatérve a B- és T-sejtekre: ezek egy része azonnal felveszi a harcot, amennyiben új patogénnel találkozik, ez azonban napokig is eltarthat. Más sejtek viszont úgynevezett memóriasejtekké alakulnak, és amennyiben az adott kórokozó ismét megjelenne a szervezetben, úgy már jóval gyorsabban és hatékonyabban képesek fellépni ellene. Így alakul ki az emberben védettség bizonyos betegségekkel szemben, és ezt a tulajdonságot használják ki az élő védőoltások, azaz a vakcinák, amelyek gyengített kórokozókat beinjektálva váltják ki a szervezet immunválaszát. Jó példa lehet erre a kanyaró, a mumpsz és a rubeola ellen védettséget nyújtó MMR oltás.
Az eddig leírtak tükrében világosan látható, mennyire fontos feladatot tölt be az immunrendszer a szervezet egészségének megőrzésében. Előfordulnak azonban állapotok, amikor a rendszer hiányos működése miatt az érintettek fokozott veszélynek vannak kitéve különböző fertőzésekkel szemben. A HIV, azaz a humán immunhiány vírus által előidézett AIDS (szerzett immunhiányos tünetegyüttes - angol rövidítéssel) az immunrendszer működésének ellehetetlenítése révén vált rettegett kórképpé világszerte, de immundeficiencia kialakulhat például veleszületett, öröklött módon is.
Ahogy a hiányos működés, úgy a túlérzékenység sem túl kedvező eltérés az ideális állapottól, amennyiben a szervezet védekezőrendszeréről van szó. Egyeseknél például teljesen ártalmatlan anyagok is kiválthatják az immunrendszer aktiválódását, mint például a növényi pollenek, egyes élelmiszerek, vagy éppen a házi por. Ilyenkor beszélünk allergiáról, amely szélsőséges esetben akár életveszélyes állapothoz, úgynevezett anafilaxiás sokkhoz is vezethet. Szintén a rendszer hibás működéséből fakadnak az autoimmun betegségek, amikor a szervezet saját sejtjeit ismeri fel ellenségként, majd kezdi kipusztítani. Közismert példa lehet erre az 1-es típusú cukorbetegség, amely esetén az immunrendszer a hasnyálmirigy inzulintermelő sejtjeit kezeli - tévesen - hívatlan vendégként.